Sinopse: A história começa imediatamente após os eventos de Grisaia no Meikyuu, com Kazami Yuuji tendo sido detidos por suspeita de envolvimento com uma organização terrorista internacional, liderada por Heath Oslo, que conseguiu entrar na fronteira do Japão com uma nova arma devastadora de destruição em massa na mão. Enquanto isso, em Mihama Academy, o restante dos alunos encontram-se com o tempo se esgotando. Devido a problemas financeiros, a escola está definido para fechar dentro do mês. Durante o ano passado, porém, as meninas de Mihama finalmente começaram a encontrar suas próprias pernas, graças ao envolvimento de Yuuji. Eles estão realmente indo só para enterrar a cabeça na areia e deixe o mundo mudar ao seu redor? E elas estão realmente dispostas a deixar o homem que mudou suas vidas escapar sem sequer tentar reconquistá-lo? Como o fim do seu tempo em Mihama Academy aproxima, Amane, Makina, Sachi, Yumiko e Michiru chegam a uma única conclusão. O quanto um grupo de estudantes pode fazer em face de países e organizações maiores do que qualquer pessoa poderia espero ser continua a ser visto. Em primeiro lugar, a posição do Yuuji é muito mais complicado do que qualquer uma delas poderia ter imaginado, como ele está envolvido em um elaborado jogo de xadrez super-político que gira em torno a si mesmo e um novo sistema inconcebível adormecido nas profundezas da CIRS, o sistema que Yuuji pode ter mais de uma ligação do que ele pensa. Uma coisa é certa, as meninas de Mihama já não estão dispostas a deixar o mundo roubar mais coisas delas, sem pelo menos um pouco de resistência em primeiro lugar. E com a ajuda de um indivíduo misterioso conhecido apenas como Thanatos, elas podem simplesmente conseguir seu objetivo.